Согласно ст. 469.5 Проекта (см. версию проекта, внесенную Президентом в Верховную Раду в январе 2012) и окончательной редакции УПК, соглашение о признании вины может быть заключено в любой момент после сообщения лицу о подозрении.
Таким образом, Проект допускает возможность переговоров о признании вины когда прокурор еще не закончил расследование и не имеет достаточных доказательств для предъявления обвинения.
В системах, откуда процедура заимствована (в частности, в США), такие переговоры ведутся после того, как обвинение (indictment) утверждено судьей на основании достаточных  доказательств (обычно на этой стадии требуется prima facie степень доказанности).

Более того, этим переговорам предшествует представление обвиняемому материалов собранных в ходе следствия (disclosure). Таким образом, адвокат вступает в переговоры, зная насколько достаточно доказательств, на которых основано подозрение/обвинение.
В отличие от этой практики, ст. 290 Проекта, помещенная в разделе «Окончание досудебного расследования», предусматривает предоставление материалов досудебного расследования обвиняемому лишь после завершения расследования.
Таким образом, остается неясным сможет ли подозреваемый и его защитник до начала переговоров знакомиться с материалами, собранными по делу.
Для сравнения, ст. 83 УПК Грузии предусматривает, что защита может потребовать и получить доступ к материалам прокурора «на любой стадии уголовного производства».

Из Проекта также неясно насколько обязательным будет участие защитника в переговорах о признании вины.
К примеру, в США и МУТБЮ такие переговоры ведутся адвокатами, представляющими интересы обвиняемого.
Ст. 210.4 УПК Грузии категорически запрещает заключение о признании вины без участия защиты.

Наконец, в системах, предусматривающих договоры о признании вины, соглашение должно быть рассмотрено в открытом судебном заседании, за исключением случаев, когда суд разрешит сторонам представить соглашение в закрытом заседании (см., например, ст. 11(c)(2) Федеральных Правил Процесса США; ст. 62 ter (С) МУТБЮ).
В Проекте отсутствует четкая позиция по этому вопросу.

Дополнение:
12 февраля 2015г. в ст. 52 УПК Украины внесены изменения. Согласно п.9 ч.2 указанной статьи, участие защитника в  случае заключения соглашения между прокурором и подозреваемым (обвиняемым) является обязательным.

См. также "Еще раз о роли защиты в процедуре соглашения о признании вины" и другие сообщения под рубрикой (справа) "соглашение о признании вины".